Прошло три года с тех пор как Саске ушол из Конохи. Наруто вернулся с обучения а деревня полностью восстановилась после наподения Орорчимару. На вид все тихо и мирно но это нетак. За пределами деревни случилось многое.
Саске решил уйти от Орочимару и убив его покинул деревню, собрав небольшую организацию под названием "Хеби" (Змей). Он решил убить наконец Итачи, но он понял: чтобы победить его нужна сила гораздо больше чем он имеет сейчас, поэтому Учиха младший начал охоту на.. хвостатых зверей! Поймав демана "Хеби" запечатывали его в свиток чтобы потом использывать.
Но Акацки тоже не дремлют они уже начали свои вылазки. Первой жертвой по их плану станет однахвосный, и небольшая група из из "красной луны отправляется" в Суну...
А в коноху приходит известие о том что Казекаге был похищен. Цунадзе высылает отряд на помощь, и он удет вслед за похитителями.
Но среди этой суматохи все совершенно позабыли об Орочимару, а он тем временем перемещается в разум Кабуто. И верный помощник "Носит" его в себе пока Орочимару не восстановит свои силы. А они ему нужны ведь его цель Саске, но он ему нужен не в качестве нового тела. Орочимару хочет отомстить, а пока он затоился в Ото набирая людей и силы.